تحقق اهداف کرسی‌های آزاد اندیشی و نظارت بر حسن اجرای آن‌ها در دانشگاه بر عهده «هیأت نظارت بر فعالیت‌های تشکل‌های اسلامی» است. اخیراً مصوبه‌ای در هیأت نظارت بر تشکل‌های اسلامی دانشگاه فردوسی مشهد تصویب شده است که علاوه بر تعیین الزامات برگزاری این کرسی‌ها محدودیت‌ها و الزاماتی را نیز برای مخاطبین و برگزارکنندگان آن‌ها در نظر گرفته است.
آنگونه که معاون فرهنگی دانشگاه فردوسی مشهد گفته است و در سایت این دانشگاه قابل مشاهده است برگزاری کرسی آزاد اندیشی در دانشگاه بر طبق مصوبات هیأت نظارت بر فعالیت های تشکل های اسلامی، مستلزم رعایت ملاحظات زیر است:
1- كرسی آزاد اندیشی به یكی از سه شكل "مناظره" ، " نقد و نظر" و " پرسش و پاسخ" برگزار می شود و برای برگزاری كرسی در هرسه شكل مذكور، حضور مجری كارشناس با ویژگی ها و وظایف مصرح در بند 5 از ماده 6 آئین نامه الزامی است. مطابق بند مذكور مجری كارشناس بایست نسبت به موضوع كرسی احاطه علمی داشته و از توانایی لازم برای مدیریت جلسه برخوردارباشد. به علاوه معرفی طرفین مناظره، اعلام ضوابط اخلاقی در ارایه دیدگاه ها، رعایت تقسیم بندی عادلانه وقت جلسه و مراقبت از خارج نشدن مباحث از موضوع تعیین شده و ارائه تذكرات لازم دراین خصوص از جمله وظایف مجری كارشناس است.
2- در برگزاری كرسی های مناظره، اختلاف دیدگاه طرفین در موضوع مناظره الزامی است و متقاضی برگزاری كرسی های مناظره مكلف است در فرم درخواست فعالیت علاوه بر معرفی مجری كارشناس، طرفین موافق و مخالف موضوع مناظره را مشخص نماید. در صورت عدم معرفی مخالف، دبیرخانه هیات موضوع مناظره پیشنهادی را به اطلاع عموم دانشگاهیان رسانده و در صورت اعلام آمادگی سایر دانشگاهیان یا تشكل ها به عنوان مخالف، هیات نظارت بعد از بررسی های لازم به صدور مجوز اقدام می نماید.
3- متقاضی برگزاری كرسی های مناظره می بایست در فرم درخواست فعالیت، مخاطبان برنامه خود را مشخص نماید و تعیین سطح كمی و كیفی مخاطبان (اختصاصی یاعمومی بودن) كرسی های مناظره برعهده هیات نظارت است.
4- كرسی های مناظره مربوط به مواردی است كه درباره موضوعاتی معین، مناقشه و اختلاف دیدگاه وجود دارد و این اختلاف به یك نوع صف بندی میان موافقین و مخالفین موضوع انجامیده است. مثل اختلاف دیدگاه های سیاسی و مذهبی در میان دانشجویان.
5- كرسی های" نقدو نظر" و "پرسش و پاسخ"، دارای مخاطب خاص بوده و بر اساس فراخوان یا دعوت برگزاركننده درجلسه شركت می نمایند. لازم است در تبلیغات مربوط نیز به مخاطبین اختصاصی كرسی های مذكور اشاره گردد.
6- كرسی های "نقد و نظر " مربوط به مواردی است كه "نظریه" یا " اثر" معینی از قبل وجود داشته باشد و توسط ناقد متخصص و مطلع، مورد بررسی و نقد قرار گیرد. از جمله مصادیق كرسی نقدو نظر، "نقد آراء و نظریات"، "نقد كتاب"، "نقد فیلم"، "نقد عملكرد"، "نقد سیاست" و امثال آن است.
7- كرسی های "پرسش و پاسخ" مربوط به مواردی است كه درباره یك موضوع مهم، سوالات یا شبهاتی وجود داشته باشد و از طریق پرسش و پاسخ با افراد مطلع و متخصص در موضوع، رفع ابهام گردد. ازجمله مصادیق كرسی پرسش و پاسخ، "پرسش و پاسخ در موضوعات مهم دینی، سیاسی، اخلاقی، حقوقی، عملكردی و امثال آن است.
8- مطابق تبصره 1 و 2 از ماده 7 آئین نامه كرسی ها، انعكاس مطالب كرسی ها در نشریات و رسانه های عمومی تابع قوانین مطبوعات كشور است لكن هیات نظارت در مواردخاص می تواندانعكاس مفاد و محتوای كرسی ها در نشریات و رسانه های رسمی كشور را ممنوع نماید. از این رو متقاضی برگزاری كرسی می بایست در فرم درخواست فعالیت، قصد انتشار یا عدم انتشار مطالب كرسی را از قبل مشخص نماید.
معاون فرهنگی و اجتماعی دانشگاه جریان آزاد اندیشی در چارچوب آئین نامه کرسی های آزاد اندیشی را نیازمند حمایت مسئولان دانشگاه، دانشجویان و اعضای هیأت علمی دانسته و تاکید کرده است: در آئین نامه جدید کرسی های آزاد اندیشی تاحد زیادی فرصت قانونی، امن و عادلانه برای تضارب آرا در اشکال گوناگون تضمین گردیده است.
به نظر می رسد برخی از محدودیت ها و الزامات تعیین شده در این بندها که به گفته این مقام مسئول در دانشگاه فردوسی برای «فرصت قانونی، امن و عادلانه برای تضارب آرا» تصویب شده اند با اختصاصی کردن مخاطبان، تبلیغات و اطلاع رسانی نشان می دهد هنوز نگرانی ها از برگزاری چنین جلساتی وجود دارد و این الزامات بروز و ظهور کرسی های پر رونق آزاد اندیشی را با محدودیت روبرو می کند.
