اما جدای از رای اعتماد مجلس، سعید نمکی وارث شرایط سنگین و دشواری است. او باید در وضعیتی که کشور تحت فشارهای متفاوت داخلی و بین المللی است، یکی از پرهزینه‌ترین وزارتخانه‌ها را اداره کند. هزینه ای که باعث شد قاضی زاده هاشمی نتواند کار خود را ادامه دهد. او خواستار دریافت بودجه بیشتر بود و محمد باقر نوبخت رئیس سازمان برنامه و بودجه اعلام کرد امکان دادن بودجه بیشتر وجود ندارد. 

اکنون اما ظاهرا "نمکی" برنامه‌ای در ۱۱ فصل برای هدایت وزارت بهداشت به نمایندگان مجلس ارائه کرده است که بایدها و نبایدها در آن کمتر از اما و اگرهایش نیست؛ به خصوص درباره طرح پر هزینه تحول سلامت. هرچند که نمکی همانند تمام صحبت‌های اخیر خود در قامت سرپرست وزارت بهداشت به استمرار طرح تحول ‏سلامت تاکید کرده، اما مواردی مانند اولویت برنامه‌های ارتقای سلامت و پیشگیری، ایجاد شفافیت در فرایند‌ها و هزینه کرد منابع، ‏ارتقای کارایی و مدیریت منابع و مصارف و کاهش بی عدالتی در دستمزد‌ها را نیز جزو لازمه‌های استمرار این طرح دانسته است.

‏با این اوصاف هرچند که همه می دانند اجرای طرح تحول سلامت به شکل کنونی قطعا مهم ترین چالش وزیر بهداشت خواهد بود اما نمی توان از سه چالش دیگر وی چشم پوشید که در نوع خود بزرگ و حتی پاشنه آشیل طرح تحول سلامت هستند؛ این سه مورد، اجرای برنامه پزشک خانواده، استقرار نظام ارجاع و اجرای پرونده الکترونیک ‏سلامت و راهنما‌های بالینی است که در برنامه توسعه بر آن تاکید شده است.

هر چند که نمکی معتقد است با اجرای این چهار رکن اساسی می‌توان مدیریت منابع را در نظام سلامت نهادینه ‏کرد و مسیر طرح تحول سلامت را در ریل قانون ادامه داد، اما چگونگی این مهم از نظر وی، برقراری نظام ارجاع و برنامه پزشک خانواده مبتنی بر سطح بندی خدمات و استفاده معنادار از ‏راهنما‌های بالینی و جلب مشارکت بخش غیردولتی است. او حتی به ایجاد جایگاه دندان پزشک خانواده به عنوان مدیر خدمات سلامت دهان و دندان اشاره کرده ‏است. ‏

اما بی شک از چالش‌های بسیارمهم وزیر بهداشت، مدیریت منابع و برقراری عدالت در سلامت است. منتقدان وزیر بهداشت پیشین معتقدند وی برقراری عدالت در سلامت را بیشتر با هزینه کردن و تزریق پول به سیستم بهداشت و درمان کشور پیگیری می‌کرد. شیوه‌ای که به عقیده آن ها موثر واقع نشده یا حداقل این که زیانش بیش از سودش بوده است. به خاطر داریم که رهبر معظم انقلاب، در دیدار رئیس جمهور و اعضای هیئت دولت با ایشان در تاریخ 5/6/1393 فرمودند: "باید این طرح پشتیبانی شود و ادامه یابد؛ ضمن آن‌که مراقبت شود برخی تصمیم‌ها،  این طرح را به ضد خود تبدیل نکند." تنها دو سال بعد معلوم شد دغدغه ایشان به جا بوده است چرا که از نیمه اول سال 95 زمزمه‌های بحران مالی طرح تحول سلامت و نیز اعتراض منتقدان مبنی بر تبعیض در تخصیص بودجه برای این طرح به گوش رسید. این منتقدان دو دسته بودند؛ برخی که صرفا نگاه سیاسی داشتند و می خواستند این برگ برنده دولت روحانی را بزنند و گروهی دیگر که آگاهانه از ابتدا درخصوص تامین مالی این طرح عظیم و تبعات آن تردید داشتند. آن ها معتقد بودند تامین چنین هزینه سنگینی حتی برای کشورهای قدرتمند دشوار است و بی شک دولت در سال های آتی به مشکل برخواهد خورد.

اما انتقادها جنبه های دیگری نیز داشت؛ از جمله بی توجهی به خدمات بهداشتی و پیشگیری، ارتقای نظام سلامت مبتنی بر تخصیص مستقیم منابع مالی که بستر فساد مالی را فراهم می آورد و به حاشیه رفتن وظایف حاکمیتی. از سوی دیگر کارشناسان چالش هایی را نیز در صورت تداوم طرح به همین شیوه مطرح می کردند. آن ها معتقد بودند تزریق منابع مالی با روند کنونی، موجب افزایش هزینه های سلامت شده است؛ به علاوه افزایش منابع مالی مورد نیاز با تداوم سیاست یکسان سازی تعرفه ها، تامین منابع مالی برای دیگر بخش های اقتصادی کشور را تحت تاثیر قرار می دهد. با وجود این، افزایش شکاف درآمدی بین بخش های مختلف نظام سلامت (یعنی پزشکان با بقیه پرسنل این بخش) بر کیفیت خدمات درمانی ارائه شده، تاثیر سوء می گذارد.

همچنین اختلاف درآمدی بخش سلامت با دیگر بخش های کشور می تواند مقدمه بروز آثار مخرب در نظام اقتصادی کشور در سال های آتی باشد. حال همه این تردیدها و انتقادها تبدیل به چالش های پیش روی سعید نمکی وزیر جدید بهداشت شده است که در قامت شاخ غول خودنمایی می کند.

فراموش نکنیم که در چند دوره اخیر مجلس بودجه بخش بهداشت و درمان از ۱۲ هزار میلیارد تومان به ۳۸ هزار میلیارد تومان رسید. یعنی این بودجه سه برابر شد اما بیش از 80 درصد بودجه ای که به زعم نمایندگان مجلس قرار بود صرف تامین دارو و بهبود تجهیزات و امکانات بهداشتی شود به بخش حقوق و دستمزدها سوق یافت و تبعات ناشی از این رویکرد خود را نشان داد.

‏اکنون اما وزیر جدید در برنامه خود اعلام کرده که توزیع عادلانه منابع شامل منابع انسانی، مالی، تجهیزات و ملزومات در چهارچوب نظام سطح ‏بندی خدمات و نظام ارجاع و با هدف اثربخشی و کارایی انجام می‌شود.

از چالش های دیگر وزیر بهداشت جدید، بحث تامین داروی کشور در دوران تحریم هاست. موضوعی که در اوایل دهه 90 نیز به یکی از چالش‌های بنیادین کشور تبدیل شد، البته نمکی خود متخصص در زمینه داروسازی است و در این حوزه تجربه بسیاری دارد؛ شاید همین تجربه در کنترل مشکلات بعدی موثر باشد.

وزیر بهداشت چالش‌های مهم دیگری هم دارد که به تازگی مطرح شده است؛ بحث مالیات پزشکان که در یک سال اخیر بسیار جنجالی شده است. باید دید رویکرد وزیر جدید در این باره چیست. نمکی تاکنون اظهارنظر صریحی نداشته و سعی کرده است محتاطانه در این باره سخن بگوید. اما از این پس در کسوت وزیر، قطعا این موضوع برایش تبدیل به یک چالش خواهد شد.

از چالش‌های دیگر وزارت بهداشت، بحث بیمه هاست و این که آیا بیمه‌ها می‌توانند مطالبات طرح سلامت را پاسخ گو باشند؟ یکی از درگیری‌های اصلی وزیر سابق با وزیر وقت رفاه یعنی علی ربیعی همین موضوع بود. حال باید دید نمکی با محمد شریعتمداری، وزیر کنونی رفاه چگونه تا خواهد کرد و آیا توانایی به میدان رفتن زیر نگاه سنگین ملت و شکستن شاخ غول را دارد؟